पेप्टाइड शुद्धता विश्लेषण आम तौर पर उच्च प्रदर्शन तरल क्रोमैटोग्राफी (एचपीएलसी) का उपयोग करके किया जाता है। मास स्पेक्ट्रोमेट्री विश्लेषण का प्राथमिक उद्देश्य आणविक भार की पुष्टि करना है; वर्तमान में, पेप्टाइड विश्लेषण के लिए नियोजित मुख्य तकनीकें इलेक्ट्रोस्प्रे आयोनाइजेशन मास स्पेक्ट्रोमेट्री (ईएसआई - एमएस) और मैट्रिक्स - असिस्टेड लेजर डिसोर्प्शन/आयोनाइजेशन मास स्पेक्ट्रोमेट्री (एमएएलडीआई - एमएस) हैं।
अमीनो एसिड संरचना विश्लेषण से पेप्टाइड में मौजूद अमीनो एसिड के प्रकार और मात्रा का पता चलता है, जबकि अमीनो एसिड अनुक्रम विश्लेषण का मूल सिद्धांत एडमैन गिरावट है।
पेप्टाइड माध्यमिक संरचनाओं की पहचान करने के तरीकों में सर्कुलर डाइक्रोइज़्म (सीडी), परमाणु चुंबकीय अनुनाद (एनएमआर), एक्स - किरण विवर्तन, अन्य शामिल हैं।
ठोस चरण संश्लेषण प्रक्रिया के दौरान, विभिन्न अशुद्धियाँ उत्पन्न हो सकती हैं, जैसे विलोपन अनुक्रम, सम्मिलन अनुक्रम, गलत युग्मित पेप्टाइड्स, एपिमेराइज्ड पेप्टाइड्स और ऑक्सीकृत पेप्टाइड्स। ऐसी पेप्टाइड संबंधित अशुद्धियों की पहचान आम तौर पर लिक्विड क्रोमैटोग्राफी {{6} टेंडेम मास स्पेक्ट्रोमेट्री (एलसी/एमएस/एमएस) का उपयोग करके की जाती है; एलसी-एमएस पेप्टाइड के द्रव्यमान का सटीक निर्धारण सक्षम बनाता है, जबकि एमएस/एमएस का उपयोग इसके अनुक्रम को स्पष्ट करने के लिए किया जाता है। इसके अतिरिक्त, प्रभावी पृथक्करण और पता लगाने के लिए एचपीएलसी क्रोमैटोग्राफिक तकनीकों को नियोजित किया जा सकता है।
ठोस चरण पेप्टाइड संश्लेषण में, युग्मन दक्षता का आकलन मुख्य रूप से राल पर मुक्त अमीनो समूहों की उपस्थिति का पता लगाकर किया जाता है; इस पता लगाने की विधि को कैसर परीक्षण (या निनहाइड्रिन परीक्षण) के रूप में जाना जाता है। यदि मुक्त अमीनो समूह मौजूद हैं, तो नीला या लाल-भूरा रंग विकसित होता है।